Milattan Önce 1200 yıllarında Ege’de, Truva Savaşı’nın ünlü komutanı Agamemnon, 10 yıl süren savaş boyunca askerlerini, savaş alanına en yakın olan ve günümüzde Balçova olarak bilinen bölgeye gönderir. Agamemnon, yaralı askerlerin kısa zamanda iyileşip geri döndüğünü görünce, kaplıca suyunun şifalı olduğunu keşfeder.
Milattan Sonra birkaç yüzyıl özellikle de Doğu Roma İmparatorluğu dönemlerinde Hıristiyanlığın o döneme özgü yalnız ruha değer veren ve cisme hor bakan görüşün de etkisiyle yıkanma ve vücut temizliği günah sayılmış ve her kaplıca gibi Agamemnon Kaplıcaları da ihmal edilmiş ve harap olmuştur.
1415 yılında Osmanlılar tarafından İzmir’in alınması ve kaplıcaların eski önemine kavuşması sonucu diğer ılıcalar, kaplıcalar ve içmeler gibi Agamemnon Kaplıcaları da onarılmış ve tekrar şifa kaynağı olmuştur.
Cumhuriyet döneminde de yöneticilerin desteğini alan Agamemnon Kaplıcaları giderek gelişmiştir.
Bir diğer rivayete göre de; yüzü ve vücudu yaralarla kaplı Agamemnon’un kızının bu sularda yıkanarak iyileşmesi ve güzelleşmesi üzerine, Agamemnon bu yörenin özel bir yer olduğuna inanır. Ve bu bölge tarihte Agamemnon Kaplıcaları diye anılır. Zamanla bu bölgeye çağlarına uygun hamamlar, kapalı hücreler, mikroptan arınma yapıları ile çamur ve su havuzları yapılır.
İl Özel İdaresine bağlı olarak 1980’li yıllarda banyolar ve havuzlar yeniden yapılandırılmış.
Sıcak su derecikleri, nehir yatağındaki bir iki kaynaktan çıkmaktadır. Soğuk dönemlerde, bu derecikler çıkardıkları buhar nedeni ile fark edilebildiğini belirtir.
Önce otel bölümü sonra Tedavi Merkezi açılarak Balçova Termal Tesisleri adıyla sağlık ve turizmin hizmetine sunulmuştur.
William Cochran, 1888 yılında basılan kitabında, buradan çok kısa söz eder ama, kitabında bir gravür vardır. (Gravür 1). Gravür, Chandler' ın anlattığı şelale benzeri yere uymaktadır. Gravürde banyo odalarının çadır gibi olması dikkati çekmektedir. Gezgin, Burada, bir köyden söz eder ( Lidja of Balgora Ghikikiov . Balcıköy (?). Gezgin bu ifadeyi; bal satıcılarının harap olmuş köyü olarak tanımlar). Bu köyde daha eski zamanlarda zenginlerin olduğunu, Kırım savaşından sonra , geri dönen yağmacı ve çapulcu askerler tarafından bu zengin insanların varlıklarının talan edildiğini , daha sonra da bu eşkıyanın baskı altına alınıp, çevrenin tekrar endüstri ile doldurulduğunu ve geliştiğini not eder.